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Master Universitaire en

Amélioration génétique végétale

Édition actuelle : 1e partie : 26 septembre 2016 – 9 juin 2017 / 2e partie : septembre 2017 – juin 2018 ··
Prochaine édition : 1e partie : septembre 2018 – juin 2019 / 2e partie : septembre 2019 – juin 2020

Master Universitaire en

Amélioration génétique végétale

Édition actuelle : 1e partie : 26 septembre 2016 – 9 juin 2017 / 2e partie : septembre 2017 – juin 2018 ··
Prochaine édition : 1e partie : septembre 2018 – juin 2019 / 2e partie : septembre 2019 – juin 2020

Intérêt de la formation

L'amélioration génétique végétale joue un rôle fondamental pour accroître le rendement et la qualité des cultures à travers la création de variétés adaptées aux différentes conditions environnementales, valorisant mieux l'utilisation d'intrants et intégrées dans des systèmes agricoles viables du point de vue environnemental et économique. Cette discipline a évolué pour devenir une science complexe qui doit intégrer des outils de différentes spécialités pour répondre aux défis d'une agriculture moderne et durable.

Le programme du Master est conçu pour former des professionnels dans le domaine de l'amélioration génétique végétale en intégrant les instruments de la biologie cellulaire, de la biologie moléculaire, de la génomique, de la biotechnologie et de la bioinformatique dans les méthodes classiques de sélection. Le profil de spécialisation conféré par cette formation permet aussi bien d'assumer des responsabilités techniques dans ce domaine que de mener une recherche scientifique de haut niveau.

Les objectifs pédagogiques du Master consistent à procurer :

  • Les bases et les principes de l'amélioration génétique végétale moderne, y compris les techniques moléculaires, génomiques et biotechnologiques.
  • La connaissance des différents processus classiques de sélection et d'amélioration, et des critères pour évaluer les avantages et les inconvénients de chacun d'eux compte tenu des espèces cultivées, des objectifs de l'amélioration, des conditions de milieu et de la réalité socio-économique.
  • Un savoir-faire permettant d'intégrer dans un programme d'amélioration les techniques conventionnelles et les méthodes les plus récentes permettant une meilleure efficacité des processus de sélection et de la création de nouvelles variétés.
  • Des compétences pour planifier un programme d'amélioration pour une espèce donnée selon les conditions d'un pays ou d'une région et compte tenu d'objectifs spécifiques.
  • Une expérience quant à la planification et au développement de projets d'initiation à la recherche en matière d'amélioration génétique végétale, en travaillant de façon autonome sous la supervision d'un encadreur, les résultats de ces projets devant être potentiellement publiables.
  • Une maîtrise de l'information scientifique et technique liée à la recherche menée, un savoir-faire concernant l'utilisation de techniques et de méthodologies appropriées à cette recherche et une capacité d'évaluer objectivement la signification des résultats obtenus et des conclusions atteintes.
  • Des compétences pour communiquer les raisonnements et les conclusions des travaux dirigés menés individuellement ou en groupe, pour mettre au point des documents d'information ou de synthèse, et pour préparer et présenter des communications orales à exposer et soutenir face à un auditoire.
  • Des aptitudes et attitudes pour le travail en équipe multidisciplinaire et interculturelle.

Profil de sortie
Pour les diplômés de ce Master les débouchés concernent les entreprises de semences et de plants, les entreprises de biotechnologie végétale, le secteur public de contrôle de la qualité des semences et de certification des variétés, la recherche et l'enseignement.

Information concernant les étudiants
Les étudiants du Master proviennent principalement des pays méditerranéens membres du CIHEAM (Albanie, Algérie, Égypte, Espagne, France, Grèce, Italie, Liban, Malte, Maroc, Portugal, Tunisie et Turquie), mais aussi d'ailleurs, en particulier d'Europe et d'Amérique Latine.

Sur les 10 dernières éditions du Master, le nombre d'étudiants a été de 216 en provenance de 32 pays :

  • Pays méditerranéens membres du CIHEAM : Albanie, Algérie, Égypte, Espagne, France, Grèce, Italie, Liban, Malte, Maroc, Portugal, Tunisie, Turquie
  • Autres pays méditerranéens : Palestine, Syrie
  • Pays d'Amérique Latine : Argentine, Bolivie, Chili, Colombie, Cuba, Équateur, Guatemala, Haïti, Mexique, Pérou, Uruguay, Venezuela
  • Autres pays : États-Unis, Ghana, Mozambique, Senegal, Ouganda

Caractéristiques et organisation

Ce Master est un Master officiel du système universitaire espagnol dans le contexte de l'Espace Européen de l'Enseignement Supérieur. Le Master, à fort caractère international, est délivré depuis 1982, son contenu étant mis à jour et révisé lors de chaque nouvelle édition.

Durée, modalité et régime d'études

Le Master se déroule sur 2 ans (120 ECTS) en mode présentiel et à temps complet. Le Master commence tous les deux ans, par conséquent les candidats ne peuvent s'y inscrire que de façon biennale.

Le système de crédits est conforme au Système Européen de Transfert de Crédits (ECTS), selon lequel un crédit est égal à 25 heures de travail total (y compris les cours théoriques et pratiques, les travaux dirigés, la préparation et la réalisation des évaluations, et le travail individuel ou en groupe). Le nombre total d'heures de travail par année académique est de 1 500.

Pour accéder à la deuxième partie du Master il est nécessaire d'avoir validé avec succès la première partie et de présenter, en accord avec les encadreurs, les protocoles de travail correspondants aux activités de formation composant la deuxième partie (Practicum et Travail de fin de Master).

L’intervalle de temps entre la date d'inscription à la première partie du Master et celle de l’obtention du titre de Master of Science ne peut excéder quatre ans. Des dérogations spéciales pourront être accordées dans des cas exceptionnels dûment justifiés.

Direction scientifique et coordination académique

La direction scientifique du Master est assurée par Ignacio Romagosa (Institut Agronomique Méditerranéen de Zaragoza et Universitat de Lleida, Espagne).

Un coordinateur technique (Ramzi Belkhodja) appartenant au personnel de l'IAMZ est rattaché au programme Master, chargé de superviser tous les aspects relatifs à la réalisation du Master et d'assurer le suivi du programme au quotidien. Le coordinateur écoute les suggestions et les réclamations des étudiants et sert de relais entre ces derniers, les directeurs scientifiques, les professeurs, l'administration de l'IAMZ et la Commission d'Études UdL/IAMZ-CIHEAM du Master.

Les professeurs disposent, pendant leurs cours, d'un certain temps à consacrer aux travaux dirigés et à l'éclaircissement de doutes. En ce qui concerne les professeurs invités, l'IAMZ facilite à tout moment leur contact avec les étudiants tout au long du programme, même s'ils ne sont plus présents en personne.

Pour le développement du projet de programme d'amélioration, les étudiants disposent d'encadreurs qui supervisent le déroulement des travaux et qui les conseillent pour la recherche d'information et pour le choix de la méthodologie applicable au programme proposé.

Pour le choix du Practicum et du travail de recherche à réaliser lors de la deuxième partie du Master, les étudiants, si besoin est, sont guidés par les conseils du directeur scientifique du Master, du coordinateur technique du Master et de la Commission d'Études UdL/IAMZ-CIHEAM du Master ; ils sont également aidés quant au choix de l'encadreur du Practicum, du directeur du projet de recherche et des institutions les plus pertinentes pour mener ces activités. Les institutions organisatrices du Master proposent également des thématiques liées à leur domaine de recherche ou à d'autres thèmes d'intérêt préalablement fixés en accord avec les institutions collaboratrices.

Pour la réalisation du Practicum et du travail de recherche, chaque étudiant est orienté et conseillé par l'encadreur du Practicum et le directeur du projet de recherche, qui doit posséder le titre de docteur et être renommé dans le domaine choisi.

 

Compétences acquises dans le cadre de cette formation

Compétences générales

  • CG1 Intégrer les connaissances scientifiques et techniques et les appliquer de façon critique.
  • CG2 Effectuer des recherches d'informations scientifiques et/ou techniques et les soumettre à un traitement sélectif.
  • CG3 Analyser résultats ou stratégies et parvenir à des conclusions permettant de clarifier les problèmes afin d'y trouver une solution.
  • CG4 Prendre des décisions et générer de nouvelles idées et connaissances dans le cadre de systèmes complexes.
  • CG5 Apprendre et travailler de façon autonome, réagir face à des situations imprévues et réorienter une stratégie si nécessaire.
  • CG6 Travailler en groupe et favoriser des attitudes d'échange et de collaboration avec d'autres étudiants, chercheurs et professionnels.
  • CG7 Communiquer les raisonnements et les conclusions autant à un auditoire général qu'à un public spécialisé.
  • CG8 Rédiger des documents de présentation et synthèse, préparer et présenter des communications orales et les soutenir.

Compétences spécifiques

  • CS1 Maîtriser les fondements et les principes de l'amélioration génétique végétale moderne, y compris les nouveaux outils quantitatifs et moléculaires tels que la génomique et, en général, les connaissances et les applications des technologies –omiques.
  • CS2 Identifier et estimer la variabilité phénotypique et génétique et déterminer quelles sont les composantes de la variation.
  • CS3 Apprécier l’importance des ressources génétiques comme source de variabilité dans les programmes d’amélioration génétique, et maîtriser les processus adéquats pour leur collecte, conservation, évaluation et utilisation.
  • CS4 Comprendre et utiliser des outils quantitatifs pour la résolution de problèmes biologiques, mathématiques et statistiques.
  • CS5 Concevoir, planifier et analyser des expérimentations statistiques agricoles avec une méthodologie rigoureuse, en tenant compte des limitations que présente l'approche expérimentale.
  • CS6 Distinguer et évaluer les différents types de marqueurs moléculaires les plus utilisés pour les études génétiques et construire et comparer des cartes génétiques, et également détecter des QTL.
  • CS7 Évaluer les différentes méthodes et techniques d'importance qui contribuent à une meilleure efficacité des processus de sélection et de mise au point de nouvelles variétés, en particulier les techniques moléculaires visant au développement de programmes de sélection assistée par marqueurs.
  • CS8 Évaluer les avantages et les inconvénients de l'utilisation de différentes stratégies et méthodologies pour accroître la tolérance/résistance à des conditions adverses sous une perspective d'amélioration de la productivité, de la sécurité et de la  qualité des cultures, en s'assurant de la durabilité des systèmes agricoles.
  • CS9 Intégrer la connaissance de la physiologie végétale, de la biochimie et de la pathologie végétale dans un programme d'amélioration génétique des plantes.
  • CS10 Planifier, développer et évaluer des programmes spécifiques d'amélioration génétique dans différentes situations et milieux, en tenant compte des matériels de départ, des objectifs fixés et des contraintes agronomiques, environnementales et socio-économiques.
  • CS11 Connaître la législation nationale et internationale concernant l'enregistrement de nouvelles variétés et la protection du droit à la propriété intellectuelle et, en particulier, les droits de l'obtenteur et les brevets.
  • CS12 Évaluer et comparer les processus d'obtention de semences et de plants certifiés et le traitement des semences. Connaître le fonctionnement du secteur du marketing de semences, en tant que partie finale du processus d'amélioration génétique.
  • CS13 Assumer la responsabilité de planifier et de mener, sous la direction d'un encadreur, mais de façon en grande mesure autonome, un travail original d'initiation à la recherche dans le domaine de l'amélioration génétique végétale.

Compétences transversales

  • CT IAMZ-CIHEAM Savoir évoluer dans un milieu multidisciplinaire et multiculturel.
  • CT1UdL Savoir s'exprimer oralement et par écrit.
  • CT2UdL Maîtrise d'une langue étrangère.
  • CT3UdL Maîtrise des technologies de l'information et de la communication.
  • CT4UdL Respect des droits fondamentaux concernant l'égalité entre hommes et femmes, la promotion des Droits de l'Homme, et une culture de paix et de valeurs démocratiques.

 

Structure des cours

Le programme est structuré en deux parties. La première partie (60 ECTS) présente une orientation professionnelle et comprend des cours théoriques et des séances pratiques, de l'étude et du travail individuel et en groupe, et des visites techniques. Lors de cette partie, en plus des professeurs de l'UdL, interviennent également des professeurs invités renommés pour leur expérience, provenant d'institutions internationales et d'universités, de centres de recherche, et d'entreprises privées de divers pays. La deuxième partie (60 ECTS) constitue une initiation à la recherche, où sont appliqués de façon critique les connaissances, les compétences et le savoir-faire acquis lors de la première partie, au traitement de problèmes réels liés à l'amélioration génétique végétale. Cette partie du Master est menée au sein de l'UdL ou dans des universités, des centres de recherche ou des entreprises privées de grand prestige, généralement en Espagne ou dans le pays d'origine de l’étudiant, sous la supervision d'un encadreur de Practicum et d'un directeur du projet de recherche, possédant le titre de docteur ainsi qu'expérience et prestige dans le domaine objet de la recherche.

Pour connaître le détail de chaque unité consulter la rubrique Structure des cours et guide des unités d’enseignement.

Première partie du programme

Unité 1. Introduction à la génétique et à l'amélioration végétale (5 ECTS)
L'unité est divisée en deux parties : Objectifs, principes et processus de l'amélioration génétique végétale, et Génétique végétale et variabilité. La première partie présente l'évolution de l'amélioration végétale sous l'angle historique et aborde les objectifs, processus et déterminants fondamentaux de l'amélioration, y compris le temps, l'héritabilité et la nature du produit final. Des exemples de programmes d'amélioration génétique végétale modernes sont brièvement passés en revue, aussi bien privés que publics, tenant compte du contexte socio-économique, agronomique et environnemental où ils se déroulent. Dans la deuxième partie de l'unité sont introduits les principes de la génétique végétale et de la biologie moléculaire, pour finalement aborder la sauvegarde et l'utilisation des ressources phytogénétiques, à travers l'étude de collections de matériels, leur conservation, multiplication et documentation, et la gestion de bases de données et d'échange d'échantillons.

Unité 2. Conception et analyse de dispositifs expérimentaux pour l'amélioration végétale (6 ECTS)
La première partie de l'unité aborde la conception et l'analyse de dispositifs expérimentaux individuels tandis que la deuxième partie a trait aux essais multilocaux. Après un passage en revue des principaux concepts statistiques nécessaires pour comprendre l'interaction génotype x environnement (GxE) et l'adaptation phénotypique, sont présentés les principes, les objectifs et les méthodes statistiques pour leur analyse. Afin d'illustrer la théorie, des travaux dirigés et des séances pratiques sont réalisés, et les étudiants effectuent un travail en groupe concernant l'étude statistique de l'interaction GxE et l'adaptation. Comme complément il est décrit comment gérer un ensemble de données et caractériser l'environnement. L'outil informatique employé est le logiciel Genstat Discovery, en libre accès pour les professionnels des pays en voie de développement et pour tous les types d'enseignement universitaire.

Unité 3. Génétique des populations et génétique quantitative (6 ECTS)
La première partie de l'unité comporte une introduction à la génétique des populations où sont analysés la constitution génétique d'une population, les changements des fréquences alléliques et génotypiques, la structure de population, la distance génétique entre populations et le déséquilibre de linkage. La deuxième partie de l'unité est consacrée à l'étude de la variation continue de l'expression de caractères phénotypiques, à l'analyse des composantes de la variance phénotypique et génotypique et aux différents modèles utilisés pour l'évaluation des valeurs génotypiques. La troisième partie analyse la réponse à la sélection, son calcul et son amélioration. Sont passés en revue les méthodes simples de sélection, de sélection indirecte, de sélection multicaractères et les index de sélection. Les exercices pratiques sont axés sur les concepts et les applications de ces types d'analyses aux programmes d'amélioration génétique appliquée.

Unité 4. Marqueurs moléculaires et cartographie de QTL (5 ECTS)
L'unité décrit les différents types de marqueurs moléculaires et leurs applications. Ensuite elle examine leur emploi pour le calcul de la diversité génétique et des distances génétiques, ainsi que pour la construction de cartes de linkage. Une autre partie de l'unité est consacrée à la détection et à la validation de loci de caractères quantitatifs (QTL, Quantitative Trait Loci). Finalement sont introduits les principes de la sélection assistée par marqueurs. Grâce aux séances en laboratoire, les étudiants acquièrent une expérience en matière d'extraction d'ADN et de méthodologie d'analyse de marqueurs. Des séances pratiques sont également effectuées concernant la construction de cartes génétiques et la cartographie de QTL pour l'analyse de caractères quantitatifs complexes à travers l'utilisation de logiciels spécifiques.

Unité 5. Technologies géniques, génomiques et de transformation génétique (6 ECTS)
L'unité présente différentes technologies génomiques, et montre de quelle manière ces outils influencent les stratégies d'amélioration végétale en offrant de nouvelles alternatives pour la sélection de caractères complexes. En premier lieu, une introduction est faite concernant l'utilisation de la bioinformatique et la gestion de bases de données. Une deuxième partie de la matière est consacrée au séquençage et reséquençage du génome, ainsi qu'à la génomique comparative. À travers des exercices pratiques, les étudiants acquièrent une expérience quant à l'accès à différentes bases de données de gènes, à la réalisation de comparaisons entre bases et à la recherche d'information utile, et en outre ils obtiennent une expérience pratique avec des visualisations de cartes comparatives. La mutagenèse et  le TILLING sont des outils particuliers qui sont employés pour créer et détecter de nouvelles formes alléliques pour la recherche fondamentale et l'amélioration appliquée. Finalement, cette unité analyse les différentes étapes des processus de transformation végétale et examine le contrôle de l'expression génique et l'analyse moléculaire des plantes régénérées. L'intérêt, pour l'amélioration, des organismes transgéniques et des caractères modifiés est évalué. Une attention spéciale est accordée à l'évaluation de risques, à la législation et aux implications sociales de l'utilisation de plantes transgéniques.

Unité 6. Développement et utilisation de variétés (7 ECTS)
Ici sont décrites et analysées les différentes méthodes pour l'obtention de lignées pures, de populations, d'hybrides, de variétés synthétiques et de clones, en évaluant leurs avantages et leurs limitations par rapport aux objectifs généraux et spécifiques du programme d'amélioration. L'amélioration assistée par marqueurs est actuellement introduite dans tous les programmes en tant qu'application directe de l'utilisation de marqueurs moléculaires pour sélectionner certains caractères ou génotypes par le biais du rétrocroisement assisté, de l'accumulation de gènes, de la sélection récurrente assistée par marqueurs, de la prédiction et la sélection génomiques et, en particulier, de la prédiction des hybrides. Finalement, l'unité aborde la production commerciale de semences et de plants comme fin ultime des programmes d'amélioration agricole, considérée depuis la commercialisation de nouvelles variétés jusqu'au marketing de semences, en analysant des questions cruciales telles que les droits de propriété, les procédures d'enregistrement, les processus de production et le contrôle de qualité des semences, ainsi que les aspects légaux de l'amélioration génétique végétale.

Unité 7. Autres technologies applicables en amélioration (4 ECTS)
Cette unité est centrée sur l'étude de plusieurs méthodes et techniques spéciales utilisées dans les programmes d'amélioration génétique végétale, comme les outils de phénotypage en masse, la gestion de données, la gestion de germoplasme, les stratégies pour un développement plus rapide de matériaux, les techniques in vitro et les croisements entre espèces éloignées. L'unité décrit non seulement les méthodes et les techniques, mais souligne également l'intérêt de leur incorporation dans des programmes traditionnels d'amélioration. Des études de cas sont effectuées et des séances en laboratoire ont lieu sur des techniques de culture in vitro, ainsi que sur le phénotypage aux champs.

Unité 8. Amélioration de caractères spécifiques (7 ECTS)
La première partie de l'unité est consacrée aux conditions adverses abiotiques, en particulier à l'amélioration de la résistance/tolérance des céréales à la sécheresse et de la tolérance à la chaleur. Comme étape préalable à leur manipulation sont abordées les bases physiologiques de la détermination du développement, de la croissance et du rendement, afin d'optimiser la sélection indirecte pour l'amélioration du rendement sous conditions adverses. Les mécanismes de résistance et/ou tolérance, les caractères adaptatifs et les méthodes de sélection utilisées sont étudiés. Des séances sur le terrain et en laboratoire sont effectuées pour mesurer différents paramètres physiologiques (fluorescence de la chlorophylle, pigmentations) afin de détecter si les plantes subissent des conditions de stress (sécheresse, salinité, carence en fer, etc.). La deuxième partie de l'unité concerne la tolérance et la résistance aux conditions adverses biotiques. On y étudie la biologie des ravageurs et la nature, les sources et la manipulation de la résistance, ainsi que les facteurs qui influencent son expression. On y souligne les aspects de l'amélioration végétale qui sont spécifiques à la résistance aux ravageurs et l'importance de l'utilisation de plantes résistantes dans le cadre de programmes durables de gestion intégrée des ravageurs. Cette deuxième partie aborde aussi l'amélioration pour la résistance aux champignons, bactéries, virus et nématodes. On y étudie l'interaction plante-pathogène et les différents mécanismes de résistance, en prêtant une attention spéciale à leur évaluation et aux méthodes de sélection pour obtenir des cultivars résistants. La troisième partie de l'unité se rapporte aux composantes de la qualité des cultures ainsi qu'aux facteurs qui la déterminent. Les démarches utilisées pour améliorer la qualité des cultures sont examinées, en considérant l'amélioration conventionnelle et autres méthodologies pouvant accroître l'efficience des processus de sélection.

Unité 9. Révision de programmes d'amélioration appliqués (7 ECTS)
Cette unité examine, pour différentes espèces autogames, allogames et à propagation végétative, les caractéristiques reproductives, les sources de variation, les objectifs et les méthodes d'amélioration, en passant en revue des programmes actuels d'amélioration combinant l'amélioration traditionnelle avec des outils biotechnologiques. Des travaux pratiques de laboratoire et aux champs sont menés, et des visites techniques sont organisées pour les différentes cultures étudiées. Finalement, l'unité aborde les perspectives de l'amélioration génétique végétale pour le futur. Lors des différentes éditions du Master sont alternées les cultures étudiées.

Unité 10. Conception d'un projet d'amélioration (7 ECTS)
Tout au long de la première partie du Master les participants élaborent individuellement un projet de programme d'amélioration, sur une espèce végétale de leur choix, s'inscrivant dans des conditions environnementales et socio-économiques spécifiques, généralement celles de leur pays d'origine. La réalisation de ce travail permet aux étudiants : (i) d'appliquer les principes et la méthodologie présentés lors du cours ; (ii) de s'exercer à la recherche d'information technique et scientifique, ainsi qu'au traitement sélectif de celle-ci ; (iii) d'évaluer de façon critique différentes alternatives d'amélioration ; (iv) de savoir définir et intégrer les différentes composantes d'un programme d'amélioration ; et (v) d'acquérir une expérience pour préparer et présenter des communications orales et les soutenir devant un public.

 

Deuxième partie du programme

Unité 11. Introduction à la recherche (30 ECTS)
Cette unité est divisée en deux matières. La première “Outils fondamentaux pour l'élaboration de documents et de publications scientifico-techniques” (6 ECTS) assure des capacités pour l'écriture, la composition et la révision de textes techniques et scientifiques, et pour l'établissement et l'utilisation de bases de données de références bibliographiques. La deuxième matière “Practicum en Amélioration Génétique Végétale” apporte les connaissances, le savoir-faire et les attitudes qui seront ensuite nécessaires à la planification et à la réalisation de projets professionnels ou de recherche sur un thème donné dans le cadre de la spécialité du Master. Le thème du Practicum est choisi en fonction de l'intérêt de formation et professionnel du candidat, et cette matière peut être effectuée dans différentes universités, centres de recherche et entreprises privées collaborant à cette partie du programme. Il s'agit d'un séjour professionnel pratique où l'étudiant, sous la supervision d'un encadreur, travaille et apprend de façon autonome et bénéficie de son insertion dans le groupe de travail. La formation est centrée sur la compréhension des objectifs scientifico-techniques des recherches ou travaux menés par l'équipe d'accueil sur le thème choisi pour le Practicum, sur le maniement de l'instrumentation et de l'équipement utilisés par cette équipe, sur l'identification des sources de connaissances les plus pertinentes pour le thème et sur la planification efficace du travail.

Unité 12. Travail fin de Master (Thèse de Master) (30 ECTS)
Elle représente l'application de la formation acquise antérieurement à la réalisation d'un projet de recherche original sur un thème spécifique, dans le domaine où l'étudiant a effectué l’Unité “Introduction à la recherche”, les données de ce travail devant être potentiellement publiables. L'étudiant reçoit formation et supervision afin de maîtriser l'application des techniques et des méthodes choisies pour la recherche, et d'apprécier objectivement la signification des résultats et des conclusions obtenus. De même, l'étudiant obtient la formation nécessaire pour mettre au point un document écrit sur le projet réalisé et pour présenter et soutenir oralement les résultats de la recherche devant un jury de qualification.

 

Programmation

Première partie du Master (première année académique)

Elle commence normalement au début du mois d'octobre et prend fin au début du mois de juin. L’horaire de cette partie occupe les matinées et les après-midi, avec deux périodes de vacances : Noël (3 semaines) et Pâques (2 semaines). Les dates exactes sont fixées chaque année en fonction de la planification annuelle de l'année académique et sont annoncées à l'avance.

L'Unité 1 et les Unités 3 à 9 se déroulent de façon séquentielle, sur un seul semestre, sauf l'Unité 6 qui commence lors de la dernière partie du premier semestre et se poursuit au début du deuxième semestre. L'Unité 2 se présente divisée en deux périodes, au début et à la fin du premier semestre. L'Unité 10 "Conception d'un programme d'amélioration" constitue l'application de la formation reçue lors des différentes unités de la première année académique, et elle se déroule donc sur les deux semestres. Pour connaître le calendrier spécifique de chaque unité, consulter la rubrique Structure des cours et guide des unités d’enseignement.

Deuxième partie du Master (deuxième année académique)

La matière “Outils fondamentaux pour l'élaboration de documents et de publications scientifico-techniques” se déroule à la fin de la première partie du Master sur deux semaines. Le Practicum en Amélioration Génétique Végétale et le Travail fin de Master (Thèse de Master) ont lieu pendant le troisième et le quatrième semestre, leur durée totale étant conjointement de 10 mois au maximum. Le Practicum commence normalement au début septembre, cependant, en fonction du protocole de travail fixé ou de la disponibilité de l'encadreur et de l'institution d'accueil, le début peut être légèrement retardé ou avancé sur avis favorable de la Commission d'Études UdL/IAMZ-CIHEAM du Master. Puisque cette partie du programme [Practicum et Travail fin de Master (Thèse de Master)] se déroule dans des institutions collaboratrices (universités, centres de recherche ou entreprises privées), l'horaire de travail et le calendrier des jours fériés s'adaptent aux conditions spécifiques de ces institutions.

 

Langues

Avant d'entamer la première partie du Master, lors des mois de juillet à septembre, un cours intensif d'apprentissage de la langue espagnole est organisé pour les étudiants ne maîtrisant pas cette langue (pour plus de renseignements consulter le point “Cours d'espagnol” dans la rubrique Information pratique pour les étudiants. Pour prendre connaissances des pré-requis spécifiques de connaissance de langue voir la rubrique Accès, admission et bourses.

Lors de la première partie du programme, pour les Unités 1 à 9, les professeurs font les cours en espagnol, en anglais ou en français. Dans ces deux derniers cas la traduction simultanée vers l'espagnol est assurée. La documentation fournie par les professeurs est en espagnol ou en anglais. Les examens écrits peuvent être faits en espagnol, en anglais ou en français. Pour l’Unité 10 les étudiants peuvent rédiger le projet de programme d'amélioration et réaliser la présentation orale et la soutenance de cette unité en espagnol, en anglais ou en français.

Lors de la deuxième partie du programme, pour le Practicum de l’Unité 11, les enseignements délivrés par les encadreurs se font en espagnol, cependant, sur accord entre l'étudiant, l'encadreur et son équipe de travail, cet apprentissage peut se faire dans une autre langue, en particulier lorsque la formation a lieu hors Espagne. Les rapports périodiques peuvent être présentés en espagnol, en anglais ou en français. L'examen oral devant le jury peut être réalisé également en espagnol, en anglais ou en français. Pour l’Unité 12 les étudiants peuvent rédiger le document de la thèse et effectuer la présentation orale et la soutenance dans n'importe laquelle des trois langues : espagnol, anglais ou français.

 

Professeurs de la première partie du Master

La qualité des enseignants est une garantie du niveau élevé des enseignements et de l'actualisation des thèmes abordés. La diversité de leur provenance, autant du point de vue géographique qu'institutionnel, contribue au dynamisme des cours et permet aux étudiants de confronter des théories, des méthodes et des résultats différents.

Lors de la dernière édition du Master, un nombre de 72 professeurs de 9 pays ont participé, provenant de :

Universités : Alemagne : University of Göttingen ; Espagne : Universidad de Alcalá, Universitat de Barcelona, Universidad de Córdoba, Universidad de León, Universitat de Lleida, Universidad de Málaga, Universidad Politécnica de Madrid ; États-Unis : Oregon Statate University ; Hollande : Wageningen UR ; Italie : Università di Bologna ; Tunisie : Institut National Agronomique de Tunisie.

Centres de recherche : Espagne :  Centro Investigacións Agrarias de Mabegondo (CIAM), Centro de Investigación y Tecnología Agroalimentaria de Aragón (CITA-GA), Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), Centre de Recerca en Agrigenòmica (CRAG), Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries (IRTA), Instituto de Ciencias de la Vid y del Vino (ICVV) ; France : Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) ; Hollande : Plant Research International B.V. ; Israël : Volcani Center ; Royaume-Uni : National Institute of Agricultural Botany, The James Hutton Institute.

Entreprises et autres entités privées : DuPont Pioneer, LabFerrer, Limagrain, Monsanto, PCTAD, Ramiro Arnedo, Syngenta.

Organisations internationales : IAMZ-CIHEAM (siège en Espagne) ; Office Communautaire des Variétés Végétales (siège en France).

Pour connaître en détail les professeurs qui délivrent chaque unité, consulter la rubrique Structure des cours et guide des unités d’enseignement.

 

Travail fin de Master (Thèse de Master)

Choix des thèmes pour la thèse de Master

Le choix du thème revient à l’étudiant lui-même en fonction de ses intérêts de formation. L'étudiant peut demander à être conseillé quant au choix de l'encadreur et de l'institution qui conviennent le mieux au projet qu'il souhaite réaliser. Les institutions organisatrices proposent également des thématiques liées aux activités de recherche coopérative qu'elles coordonnent ou à d'autres thèmes d'intérêt préalablement convenus avec des institutions collaboratrices. Le thème de la thèse portera sur le domaine où l'étudiant a développé le Practicum de l’Unité “Introduction à la recherche”

Centres où sont menées les thèses

La réalisation du travail est effectuée au sein d'institutions accréditées (universités, centres de recherche ou entreprises privées) généralement en Espagne ou dans le pays d'origine de l’étudiant, sous la direction scientifique d'un chercheur renommé possédant le titre de docteur. L’étudiant doit, avec la conformité de son directeur de thèse, informer régulièrement la Commission d'Études UdL/IAMZ-CIHEAM du Master concernant le déroulement et l'avancement du travail.

La collaboration qui est entretenue avec de nombreuses institutions de prestige sur les différents thèmes de la spécialité du Master pour la réalisation des thèses de Master est fondamentale pour le succès du programme. Les étudiants effectuent leur formation dans une ambiance de recherche en équipe, où d'excellents moyens et conseils sont mis à leur disposition, et l'expérience ainsi obtenue lors de cette période ne se limite pas à l'acquisition de connaissances et de savoir-faire pratique, mais les introduit de plain-pied dans la réalité professionnelle.

Pré-requis

Afin de pouvoir suivre cette unité (de même que pour l’Unité 11) l'étudiant doit avoir réussi à la première partie du Master et avoir présenté un protocole de travail accepté par un directeur de thèse. Le protocole doit être examiné par un comité d'évaluation formé par la Commission d'Études UdL/IAMZ-CIHEAM et des professeurs du Master, en considérant :

  • Les caractéristiques du travail à réaliser : (i) cohérence et faisabilité du projet ; et (ii) concordance entre le thème choisi et la formation préalable du candidat, son insertion professionnelle prévisible ou les exigences de formation ou de production de son pays d'origine
  • Les garanties scientifiques et le profil adéquat du directeur de thèse et de l'institution où le travail sera mené

Au cours du deuxième semestre de la première année académique, l'IAMZ publie les normes pour la présentation des protocoles et ouvre la période pour la soumission des demandes de bourses concernant la deuxième partie du programme.

Thématiques objet de Thèses de Master

Il existe une vaste possibilité de thématiques sur lesquelles réaliser les thèses, dont voici quelques-unes des plus souvent abordées :

  • Applications de la génomique et autres technologies actuelles à la caractérisation de la variabilité et à l'amélioration des cultures (marqueurs/analyse QTL, transformation génétique, expression des gènes, cartographie)
  • Étude de caractères liés à la qualité
  • Résistance aux ravageurs et maladies
  • Facteurs physiologiques liés au rendement de la culture
  • Comportement des variétés dans des milieux déterminés

Exemples de Thèses de Master réalisées

À la suite sont présentées certaines des thèses qui ont été menées lors des dernières années afin de montrer la variété de thématiques, d'encadreurs et d'institutions intervenant dans cette activité de formation :

Titre : Identification of QTLs related with phenolic compounds content in Brassica oleracea [Identification de QTL liés à la teneur en composés phénoliques chez Brassica oleracea] (2014)
Auteur : Mahmoud Ali, Agronomiste, Égypte
Lieu de réalisation : Misión Biológica de Galicia, Consejo Superior de Investigaciones Científicas (MBG-CSIC), Pontevedra, Espagne
Directeurs de thèse : Pilar Soengas et Marta Francisco

Titre : Biotechnological approaches for obtaining olive plants resistant to the defoliant pathotype of Verticillium dahliae [Approches biotechnologiques pour l’obtention de plants d’olivier résistants au pathotype défoliant de Verticillium dahliae] (2014)
Auteur : Louis Fresta, Biologiste et Chimiste, Malte
Lieu de réalisation : Departamento de Biología Vegetal, Facultad de Ciencias, Universidad de Málaga, Espagne
Directeurs de thèse : Fernando Pliego et José Ángel Mercado

Titre : Caracterización morfoagronómica y molecular de una variedad tradicional de tomate [Caractérisation morpho-agronomique et moléculaire d’une variété traditionnelle de tomate] (2014)
Auteur : Mónica Coig-O’donnell, Ingénieur Agronome, Espagne
Lieu de réalisation : Instituto Universitario de Conservación y Mejora de la Agrodiversidad Valenciana (COMAV), Universidad Politécnica de Valencia, et Cultivos y Tecnología Agraria de Tenerife (CULTESA), Espagne
Directeurs de thèse : Joaquín Cañizares et Leonardo Jesús Amador

Titre : Genotipado de una población de melón (Cucumis melo) mutagenizada con etilmetanosulfonato (EMS) para la búsqueda de genes asociados con la resistencia a virus y hongos [Génotypage d'une population de melon (Cucumis melo) après mutagenèse par éthylméthanesulfonate (EMS) pour la recherche de gènes liés à la résistance aux virus et champignons] (2012)
Auteur : Juan Carlos Guillermo Barroso Armas, Ingénieur Agronome, Mexique
Lieu de réalisation : Semillas Fitó S.A., Barcelona, Espagne
Directeurs de thèse : German Anastasio et Torben Jahrmann

Titre : Yield gain and genotype by environment interaction in the Spanish national barley breeding program [Augmentation du rendement et interaction génotype x environnement dans le cadre du programme national espagnol d'amélioration de l'orge] (2010)
Auteur : El Sayed Mansour El Sayed, Agronome, Égypte
Lieu de réalisation : Departamento de Genética y Producción Vegetal, Estación Experimental de Aula Dei, CSIC, Zaragoza, Espagne
Directeurs de thèse : Ernesto Igartua et Ana M. Casas

Titre : Identification and characterization of novel sources of resistance to Fusarium oxysporum f.sp. pisi within a Pisum spp. collection [Identification et caractérisation de nouvelles sources de résistance à Fusarium oxysporum f.sp. pisi chez une collection de Pisum spp.] (2010)
Auteur : Moustapha Bani, Ingénieur Agronome, Algérie
Lieu de réalisation : Departamento de Agronomía y Mejora Vegetal, Instituto de Agricultura Sostenible, CSIC, Córdoba, Espagne
Directeurs de thèse : Diego Rubiales et Nicolás Rispail

Titre : Caracterización molecular de variedades autóctonas españolas de albaricoquero (Prunus armeniaca L.) a partir de material antiguo  [Caractérisation moléculaire de variétés autochtones espagnoles d'abricotier (Prunus armeniaca L.) à partir de matériel ancien] (2009)
Auteur : Carolina Martín Ramos, Biologiste, Espagne
Lieu de réalisation : Grupo de Fruticultura, Estación Experimental La Mayora, CSIC, Málaga, Espagne
Directeurs de thèse : José Ignacio Hormaza et María Herrero

Titre : Linkage map construction for Albacete x Barberousse DH population in barley (Hordeum vulgare L.) [Construction de la carte de linkage pour la population Albacete x Barberousse DH chez l'orge (Hordeum vulgare L.)] (2008)
Auteur : Alba Farré, Biotechnologue, Espagne
Lieu de réalisation : Departamento de Producción Vegetal y Ciencias Forestales, Universitat de Lleida, Espagne
Directeurs de thèse : Ignacio Romagosa et Hans Jansen

Titre : Variaciones temporales y espaciales en el transcriptoma del escutelo de maíz durante la germinación [Variations temporelles et spatiales du transcriptome du scutellum de maïs pendant la germination] (2007)
Auteur : Hédia Tnani, Ingénieur Agronome, Tunisie
Lieu de réalisation : Laboratorio de Genética Molecular Vegetal, Instituto de Biología Molecular, Barcelona, Espagne
Directeurs de thèse : Carlos M. Vicient et Ignacio López Ribera

Titre : Autocompatibilidad floral en cerezo (Prunus avium L.). Caracterización genética en un mutante natural [Autocompatibilité florale chez le cerisier (Prunus avium L.). Caractérisation génétique chez un mutant naturel] (2006)
Auteur : Ariana Mariela Cachi, Biotechnologue, Argentine
Lieu de réalisation : Grupo de Fruticultura, Estación Experimental La Mayora, CSIC, Málaga, Espagne
Directeur de thèse : Ana Wunsch